Die Bibliothek des Deutschen Medizinhistorischen Museums ist eine Forschungsbibliothek mit medizinischer, medizinhistorischer, museologischer und hortologischer Fachliteratur. Sie umfasst ca. 15.000 Bände sowie diverse Zeitschriften. Es handelt sich um eine Präsenzbibliothek ohne Ausleihe, interessierten Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern ermöglichen wir auf Nachfrage aber gerne den Zugang zu ausgewählten Werken.

Das Deutsche Medizinhistorische Museum ist seit 2009 Mitglied im Bayerischen Bibliotheksverbund (BVB). Ziel ist es, den gesamten Bestand über den OPAC des BVB auffindbar zu machen. Der Rara-Bestand (Drucke vor 1850) ist bereits vollständig eingegeben und kann über den Gateway Bayern des BVB recherchiert werden.

Viele Bände im Rara-Bestand des Museums sind vom Alter gezeichnet. Sie leiden unter Rückenschäden, Papiereinrissen, losen Bindungen oder den Folgen von Schimmelbefall. Andere benötigen eine stabile Kassette, um weitergehende Schäden zu vermeiden. Um diese Sorgenkinder einer fachgerechten Therapie zuzuführen, wurde im Sommer 2010 das Projekt „Buchpatienten” ins Leben gerufen.