Trotz der insgesamt hohen Bedeutung, sind teilweise auch deutliche Wertminderungen festzustellen. Diese beruhen häufig auf naturschutzfachlich als Fehlentwicklungen zu bezeichnenden Maßnahmen vergangener Jahre und Jahrzehnte. Teilweise finden aber auch bis in die Gegenwart Nutzungen und Entwicklungen statt, die mit den Zielen des Naturschutzes und der Landschaftspflege nicht in Einklang stehen.

In der jüngeren Auenstufe waren und sind besonders gravierende negative Auswirkungen mit den flußbaulichen Maßnahmen verbunden. Bereits um die Mitte des 19. Jahrhunderts wurden die ersten großen Regulierungen durchgeführt und zahlreiche Donauschlingen durch Durchstiche miteinander verbunden. Dadurch erhöhte sich die Fließgeschwindigkeit, es kam zu Eintiefungen, die Reichweite der Hochwässer nahm ab, infolge setzte eine starke Verlandung der Altwässer ein, neue Altwässer entstanden kaum mehr, ebenso ging die Neubildung von Brennen stark zurück.

1970 ging die Staustufe Bergheim, 1971 die in Ingolstadt in Betrieb. Dadurch wurde die bereits durch die Regulierungen eingeschränkte Flußdynamik weiter stark reduziert. Überflutungshäufigkeit und -menge nahmen weiter ab, insbesondere die Hochwasserspitzen im Hochsommer wurden gekappt. In vorgeschalteten weiteren Staustufen, insbesondere am Lech, wird der Großteil des Geschiebes abgefangen. Ferner kam es zu Veränderungen des Grundwasserhaushaltes, wobei meist eine Aufhöhung eintrat, die sich jedoch wegen des weitgehend fehlenden Kapillarsaum-Anschlusses nicht unmittelbar im Vegetationsmosaik ausdrückt.

Durch die flußbaulichen Maßnahmen sind die charakteristischen Lebensgemeinschaften rezenter Auen, insbesondere die Lebensraumtypen Altwasser, Pioniervegetation auf Brennen und Weichholzauwald, heute nur noch als Fragmente erhalten. Der für intakte Auen charakteristische Wechsel zwischen dem Neuentstehen von Standorten und der Reifung von Standorten ist aufgehoben, es finden fast ausschließlich Reifungsprozesse statt. Nur bei stärksten Hochwässern kommt es noch zu großflächigen Überflutungen, doch auch diese führen wegen des fehlenden Geschiebes nicht zur Bildung initialer, magerer Standorte. Da die Hochwasserspitzen gekappt sind, haben die Hochwässer eine geringere erosive Kraft als früher, Altarme werden nicht mehr auf natürliche Weise „entlandet“. Im Weichholz-Auwald entstehen keine Bodenoffenlegungen oder mächtigeren Sedimentationen mehr; auf solche offenen Strukturen sind aber zahlreiche typische Gehölzarten des Weichholz-Auwaldes für die Verjüngung angewiesen.

Neben den flußbaulichen Maßnahmen gehen auch zahlreiche weitere Nutzungen und Nutzungsveränderungen mit Wertminderungen einher. Im Wald wirken sich v. a. die teilweise weit überhöhten Rehwildbestände negativ aus, die eine Verjüngung der natürlich vorkommenden Hauptbaumarten außer Zaun häufig nicht zulassen. Die parkartigen Landschaftsteile sind durch den Rückzug der Landwirtschaft aus den vielfach kleinen, schwer bewirtschaftbaren landwirtschaftlichen Flächen und nachfolgender Aufforstung oder Gehölzsukzession einem starken Schwund unterworfen. Wie der Luftbildvergleich zwischen 1956 und 1993 ergab, gingen die parkartigen Landschaftsteile seit 1956 um 1/3 zurück. Darin nicht inbegriffen, da im Luftbild nicht erkennbar, sind Wertminderungen auf großflächigen Brachen, auf denen noch keine stärkere Gehölzsukzession eingesetzt hat.

Besonders starkem Schwund waren die weitgehend gehölzfreien Brennenflächen unterworfen. Bereits ab dem 1. Weltkrieg begann der Rückzug der Landwirtschaft von den Brennen, der sich nach dem 2. Weltkrieg beschleunigte. In den 50erJahren kam die landwirtschaftliche Nutzung der Brennen endgültig zum Erliegen. Mit dem Rückzug der Landwirtschaft setzten Sukzessionsprozesse ein, die vielfach bereits zur Ausbildung geschlossener Gebüsche, teilweise bereits auch von Wäldern geführt haben. An einigen Stellen wurde auch aufgeforstet. Die früher zweitgrößte Brenne im Bereich des heutigen Schafirrsees, wurde fast gänzlich ausgekiest, nur noch kleinste Restflächen sind am Rande des Schafirrsees erhalten geblieben. Von den rund 75 ha Brennenfläche im Jahre 1956 sind heute nur noch rund 31 ha erhalten, das entspricht einem Rückgang um fast 60%. Neben den großflächigen Beeinträchtigungen durch Nutzungsaufgabe und Auskiesung, sind auf den Brennen weitere zwar kleinflächige, aber dennoch ausgeprägte Wertminderungen z. B. durch Umbruch zur Anlage von Wildäckern, Ablagerungen und Holzlagerung, Brandstellen, teilweise auch durch Trittbelastung und Pestizid- und Nährstoffeintrag (Hohenlohe) vorhanden.

Fast ebenso starke Wertminderungen wie auf den Brennen, traten in den letzten Jahrzehnten im Bereich der Altarme und Flutmulden auf. Durch das Ausbleiben von starken Hochwässern (s. o.) setzte eine starke Verlandung ein, die vielfach bereits dazu geführt hat, daß die ehemaligen Altarme waldfähig geworden sind und sich durch natürliche Gehölzsukzession oder durch Aufforstungen mehr oder weniger geschlossene Gehölzbestände gebildet haben. Rund 10% der 1956 noch erhalten gebliebenen Altwasser und Flutmulden wurden durch den Bau des Entwässerungsgrabens zerstört, der bevorzugt in vorhandenen ehemaligen Altwasserrinnen angelegt wurde. Kleinflächige Beeinträchtigungen bestehen z. B. durch die Anlage von Wildäckern, Wildfütterungen und Kirrungen und durch die ackerbauliche Nutzung (Flutmulde um die Felberschütt), kleinflächig auch durch Müllablagerungen und Teilverfüllungen.

Die als „überwiegend intensiv landwirtschaftlich genutzt“ abgegrenzten Bereiche sind, wie auch der Luftbildvergleich ergab, bereits seit vielen Jahrzehnten relativ arm an gliedernden naturnahen Strukturen. Dennoch traten auch hier erhebliche Wertminderungen in den letzten Jahrzehnten auf, da sich Dünger- und Pestizideinsatz drastisch erhöht haben; nach den Richtlinien eines biologischen Anbauverbands bewirtschaftete Flächen gibt es bislang nicht. Dünger- und Pestizideinsatz haben die Artenvielfalt der Kleintierfauna und der Ackerwildkrautflora erheblich reduziert. Weitere Wertminderungen sind mit Grünlandumbruch, die Beseitigung von einigen der wenigen Flurgehölzen und mangelhafter Waldrandausbildung vorhanden.

Neben den geschilderten Wertminderungen, die überwiegend auf Nutzungen oder Nutzungsveränderungen innerhalb des Gebiets zurückzuführen sind, wird der Gerolfinger Eichenwald auch von überregional bedingten Schadwirkungen beeinflußt. Besonders zu nennen ist der Schadstoffeintrag aus der Luft durch Fernverfrachtungen. Der Stickstoffeintrag erreicht teilweise bereits Größenordnungen wie die durchschnittliche landwirtschaftliche Düngung auf Ackerflächen Anfang der 50er Jahre. Insbesondere auf den Magerrasen ist zu befürchten, daß der Stickstoffeintrag mittelfristig zu Artverschiebungen zugunsten höherwüchsigerer, in der Regel naturschutzfachlich weniger bedeutsamen Arten führen wird.